У процесі обстеження пацієнт лежить на столі, який засувається в рентгенівську трубку. Пристрій всередині обертається і випускає промінь, що проходить через пацієнта. Дані зчитуються детекторами.
Потім комп'ютер створює двовимірне зображення зрізу тіла, яке зазвичай становить від 1 до 10 міліметрів. Отримані знімки об'єднуються в кілька 2D-фрагментів для створення тривимірного зображення тіла, що полегшує лікарям визначати виявити джерело проблеми. Зазвичай процедура триває не довше 15 хвилин.
Для ефективного пошуку деяких аномалій іноді застосовують контрастний препарат: йод або барій. Вводять в організм пацієнта перорально, ректально або безпосередньо в кровотік.